Ο Γιάννης Αμανατίδης πραγματοποίησε μια λαμπρή καριέρα στα Ευρωπαϊκά γήπεδα και κυρίως στη Γερμανία που πέρασε το μεγαλύτερο κομμάτι της καριέρας του. Όταν πήρε την απόφαση να κρεμάσει τα ποδοσφαιρικά του παπούτσια ακολούθησε τον δρόμο της προπονητικής. Μάλιστα επέστρεψε στη χώρα μας για λογαριασμό του Ηρακλή σε μια δύσκολη περίοδο για την ομάδα της Θεσσαλονίκης. Μπορεί να αποχώρησε στη συνέχεια, αλλά παρέμεινε στη Θεσσαλονίκη.
Ο πρώην διεθνής επιθετικός έγινε μέλος του προπονητικού τιμ του ΠΑΟΚ. Ωστόσο η συνεργασία του με τον «δικέφαλο του Βορά» δεν κράτησε για μεγάλο χρονικό διάστημα. Σε διαδικτυακή εκπομπή του sdna.gr ο Γιάννης Αμανατίδης εξήγησε τον λόγο της αποχώρησης του από το προπονητικό επιτελείο του ΠΑΟΚ:
«Χωρίσαμε με τον ΠΑΟΚ γιατί δεν υπήρχε επικοινωνία. Ήταν μια ιδιαίτερη φάση. Με κάλεσαν από την Ελβετία μετά από δύο χρόνια όπου ήμουν εκεί. Με την αλλαγή προπονητή, γνωρίζοντας ότι ο Πάμπλο δεν έχει το δίπλωμα. Ήταν μια ιδιαίτερη σχέση μαζί του. Όπως και να΄ χει, όμως, δεν υπήρχε καλή επικοινωνία. Και εγώ δεν μπορούσα αλλά και δεν ήθελα να θέσω το δίπλωμα μου στη διάθεση κάποιου άλλου με τον οποίο η συνεργασία μας δεν είναι καλή. Δεν είχαμε την επικοινωνία την οποία αρχικά είχαμε αναφέρει πως θα έχουμε. Δεν ήταν έτσι όπως τα είπαμε.
Έτσι εξέφρασα τη γνώμη μου ότι δε θέλω να προχωρήσω με αυτόν τον τρόπο, προφανώς και ο ίδιος. Και έτσι αποχώρησα από την ομάδα, αν και δεν ήθελα, γιατί θέλω να βοηθήσω, αλλά από την άλλη δε με δέχτηκαν όπως είμαι, και όπως έλεγαν το καλοκαίρι. Όταν ήρθε έπειτα ο Πάμπλο, ο ένας είχε ανάγκη τον άλλον, αυτός δεν είχε δίπλωμα και εγώ τον είχα ανάγκη επίσης.
Από κει και πέρα, έφερε το δικό του τιμ και δε βρεθήκαμε ποτέ, γιατί δεν υπήρχε επικοινωνία. Και από κει και πέρα δεν ήμουν διατεθειμένος να του δώσω το δίπλωμα να κοουτσάρει και εγώ να είμαι εκεί απλά για να είμαι. Γιατί αυτό έκανα τέσσερις-πέντε μήνες: ήμουν εκεί για να είμαι».
